La peli empieza en 1989 (la original era en 1982). Kevin Flynn (el personaje de Jeff Bridges), que tiene un hijo de 5 años llamado Sean, ha creado algunos de los videojuegos más vendidos del mundo desde que le sucediera lo de Tron. Tras ello, Kevin desaparece y Alan Bradley (el personaje de Bruce Boxleitner en Tron) se encarga de la compañía. Tras esto la peli da un salto de 15 años al futuro, Sean tiene la edad de 20 y algo, y Alan tiene información acerca del paradero de su padre, lo que hace que Sean vuelva al juego arcade donde su padre Kevin quedó atrapado en la primera entrega.
Flynn ha programado un personaje CLU que se parece a él siendo joven que va por ese mundo (el del videojuego) haciendo de todos un mundo mejor. Por desgracia, dicho personaje está corrupto y recrea su propia versión de «mundo perfecto». Aparentemente, esta CLU mata a programas del tipoISOs (supongo que los informáticos ya han pillado el concepto). Y estas ISOs creen que Sean Flynn es su salvador, pero su padre sigue estando en el videojuego.
Un poco enrebesado desde cierto punto de vista, pero es un buen comienzo.
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